为便于农民工就医报销，安徽省一些县与长三角地区一些城市的医院合作开展了新农合“即时结报”。安徽省卫生厅工作人员说，一条“两点单线”的网络系统建设成本和每年的维护费用都在10万元左右。近两年新农合异地报销的费用占支出总额的近30%。湖北省医保局有关负责人指出，各地医保基金都是独立运行，根据当地医疗水平筹资，所以各地基金的差距很大。而且人口流动趋势基本是从欠发达地区向发达地区迁移，实行异地就医直报将对后者医保基金形成冲击。中国人民大学社会保障研究中心副教授韩克庆认为，参保居民在本地看病，钱是从左兜到右兜，而跨省就医则是“把钱放别人兜里”。我国医保制度的属地化管理，很容易形成地方利益保护。
国家“试点跨省就医直报”的消息一出，引起网友广泛关注。他们的留言中流露出既喜又忧的纠结：何时自己才能享受跨省直报?受访专家普遍认为，随着人口流动加剧，跨省就医量也越来越大，这成为一个难以忽略的民生需求。而实现异地就医直报的前提是提高医保统筹层次，同时要建立全国联网的医疗信息平台，让医保部门能够跨省调阅诊疗信息。“医保统筹层次过低，导致医保支付者过多。”北京大学政府管理学院教授顾昕指出，如提高到省级统筹，北京协和医院和30多个省级医保机构签约是可行的，但和成百上千的县市级医保机构签约将崩溃。
卫生计生委2011年已开始探索建设国家新农合信息平台，目前已经实现与北京、内蒙古等9个省级平台以及北京协和医院、中国医科院肿瘤医院等部分大型医疗机构的互联互通。中国医学科学院医学信息研究所所长代涛说，这一平台已初步实现费用核查功能，为跨省报销奠定基础。同时，受访专家还提醒，推进异地就医直报，还要防止大量患者流向大城市大医院，这不仅会加剧看病难，而且可能引发基层医保基金风险。
“既要抑制患者无序流向大医院，又要保障真正需要到大医院的大病、疑难病患者的就医权益，推进异地报销还需配套建立分级转诊制度。”代涛指出，当前为引导患者在基层就医，医保报销政策“一刀切”，大医院报销少，基层报销多，这对大病患者不公平。报销比例应该与转诊结合起来，遵循分级转诊的患者报销比例高，直接去大医院就医的患者报销比例应降低。
此外，一些基层医保部门还建议，当地医保水平仅能满足本地医疗条件的诊疗，外出务工人员到大城市看病比较贵，其间的差价，大城市应给予一定比例的补偿。“他们毕竟是为了大城市的建设发展流血流汗，也应该享受到一定的服务。”
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