长期低温存放的南瓜也会产生胎萌现象。图片来源：motherofahubbard.com/
有人会怀疑是否番茄种子发芽是由于施加了生长调节剂(也就是常说的“植物激素”)造成的。首先需要说明的是，合法按量的使用生长调节剂是农业生产的常规手段，对人体并无伤害。其次，从上面的分析可以看出，赤霉素的确可以打破种子休眠，促进种子萌发。但是，赤霉素一般不用施用于成熟番茄，而多是在播种前对种子做催种处理【8】，并且外源赤霉素的使用很难影响到种子内部内源性赤霉素的含量。因此，番茄种子萌发和施用生长调节剂之间，并没有直接联系。
此外还有人质疑这个番茄是否是被“辐射”或者是转基因品种。对于胎萌现象，的确有若干基因的突变可造成植物种子更易于胎萌【9】。但值得注意的是，辐射造成的突变是随机的，对于一个大规模生产的品种的一个个体，受到辐射而致突变的概率极低，致使特定基因突变的概率更是可视为零。事实上，只有在辐照育种或化学诱变情况下才可能发生。对于“转基因之说”则更是没有根据。曾经上市的几种转基因番茄，主要是降低乙烯产生以对抗果实软化，而如前文所说在果实不能充分软化时是不利于种子萌发的。更何况，现在市场上转基因番茄几乎已经完全退市，看到种子发芽便认为是“转基因”实在牵强。
结论：
番茄种子在内部发芽，其主要原因是由于番茄过熟所致。低温长期储存更会加剧这种现象。这种现象和植物生长调节剂的使用并无直接关系，更非受到辐射或转基因所致。种子发芽的番茄在除去芽后食用不会对人体造成伤害，但营养价值和口感均下降，因此并不建议食用。
参考资料：
http://weibo.com/1653903883/A9LYi7NSc
http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-7/2013724172053609.htm
《植物学(上)》陆时万 等编，高等教育出版社，p234
《植物学(下)》吴国芳 等编，高等教育出版社，p274
《植物生理学》 武维华 编，科学出版社，p380
刘永庆 《番茄种子发育过程的形态和生理特性》 中国蔬菜，1994(4)，10-13
刘永庆等《赤霉素和脱落酸对番茄种子发芽的生理调控》 园艺学报，1995,22(3)，267-271
刘永庆《预浸及赤霉素对番茄种子发芽的影响》 种子，1993，68，9-15
张莉 等《种子胎萌机制研究进展》细胞生物学杂志，2007，29,701-705
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