基因检测专家杨耀湘：基因检测在肌肉病诊断中的合理应用

伴随基因检测的普及，由于遗传性肌肉病均为罕见病，部分诊治医生中出现了“唯基因论”，在遗传性肌肉病的诊断中造成更多的误诊误治，给社会和家庭带来巨大经济负担。长期致力于从事病理研究和基因检测工作，现任广州市第一人民医院病理科主管技师的杨耀湘认为，应该认识到基因检测存在的不足，重视临床特征对疾病的提示作用，选择正确临床路径，进而选择正确的基因检测方法，让基因检测在遗传性肌肉病诊断中发挥正确的作用。

      杨耀湘（广州市第一人民医院病理科主管技师）

杨耀湘谈基因检测在遗传性肌肉病诊断的应用指征

杨耀湘认为，毋庸置疑，基因检测不仅在遗传性肌肉病诊断中起着重要作用，而且在遗传咨询和预防方面有重大价值，甚至还在疾病的进程和临床转归等方面有重大临床价值。

以她多年来在基金检测的数据统计来看，线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作（mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episode，MELAS）在发病早期易被误诊为病毒性脑炎。对于反复发作的脑炎，要想到MELAS的可能性，而80%的MELAS是由线粒体DNA（mtDNA）3243位点发生A➝G的点突变（A3243G）所致，此时的mtDNA分析对疾病鉴别诊断起关键作用。

“迪谢内肌营养不良（Duchenne muscular dystrophy，DMD）是一种X连锁隐性遗传病。对于所有育有DMD患儿的无症状女性都应该进行基因检测以判断是否为携带者。如果患儿母亲的DNA分析未发现突变，表明患儿为新发突变，或者母亲存在生殖系突变。对于有dystrophin蛋白缺陷患儿的家庭，如果基因诊断明确，需要进行产前筛查。”杨耀湘如是说。

杨耀湘谈如何合理应用基因检测技术

杨耀湘认为，要选择正确的检测方法，可以遵循以下方法，即不同的遗传疾病应该采用不同的基因检测方法。检测手段主要包括sanger测序、二代测序、MLPA、重复引物PCR（repeat-primedpolymerase chain reaction，RP-PCR）、长片段PCR技术（long-range PCR）、Southern blot及长读长测序技术（long-read sequencing，LRS）等。Sanger测序可用来检测单个基因编码序列上发生的错义突变（missense）、同义突变（synonymous）、无义突变（nonsense）、小片段的插入/缺失突变（smallinsertions/deletions）和剪接位点突变（splicing）；MLPA则用来检测基因的拷贝数变异（copy numbervariation）；RP-PCR、长片段PCR、Southernblot及LRS可以检测DNA上的重复序列发生不稳定性扩增，即动态突变（dynamic mutation）。

                     杨耀湘对送检样品进行基因检测

根据临床表型决定基因检测的方向及方法，可提高基因检测的阳性率，降低成本，缩短诊断时间。第一，家族致病基因明确或临床特征指向某一特定疾病时，可根据基因变异特点选择合适的方法对该疾病特定的致病基因进行分析。第二，对于临床表型复杂且致病基因较多的遗传性肌肉病，可以选择检测多个基因的Panel来提高检测的阳性率。临床医生在选择基因Panel时需要仔细核对基因包中是否含有与表型相关的基因。第三，对于基因Panel阴性的患者，可选择全外显子组测序（whole-exome sequencing，WES）和全基因组测序（whole-genome sequencing，WGS），不仅可以评估疾病所有致病基因，也是发现新基因的重要方法。随着二代测序技术的推广和降价，WES和WGS已逐渐代替基因Panel和单基因测序，发挥更强大的检测和再分析优势。

杨耀湘对基因检测结果的解读：研究表明每个健康个体也会携带40~110种人类基因变异数据库中被判定为致病突变的变异，因此临床医生需要判断哪些是致病突变，哪些只是疾病不相关的突变携带。目前对基因检测结果中发现的变异进行致病性等级评判时，主要遵循美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Geneticists）制订的序列变异解读指南。mtDNA变异有别于核基因组变异，需考虑母系遗传、阈值效应、细胞mtDNA拷贝数差异、组织异质性等，目前mtDNA检测报告的解读主要依托于MITOMAP和ClinVar数据库列出的明确致病变异。对不在此范围的变异，需遵循美国贝勒医学院临床医学遗传诊断室于2020年发表的线粒体mRNA变异分类标准。目前有许多软件可以辅助解读序列变异，临床实验室常用的错义变异解读工具包括PolyPhen-2、SIFT、MutationTaster等，也有一些预测剪接的软件。

遗传性肌肉病为罕见病，临床医生应提高对遗传性肌肉病的识别能力，在临床特征指导下选择性地进行生化、酶学、肌肉病理检查，进一步指导选择合适的基因检测方法。在遗传性肌肉病诊治中合理应用基因检测尤为重要，它不仅可以帮助明确诊断，还能指导家庭优生优育，同时也为后续的治疗带来希望。（作者：张家旗）